Setelah Presiden Soeharto dilengserkan dari kekuasaannya pada tanggal 21 Mei 1998 jabatan presiden digantikan oleh Wakil Presiden Bacharuddin Jusuf Habibie. Atas desakan publik, Pemilu yang baru atau dipercepat segera dilaksanakan, sehingga hasil-hasil Pemilu 1997 segera diganti. Pemilu dilaksanakan pada 7 Juni 1999, atau 13 bulan masa kekuasaan Habibie. diadakannya Pemilu yang dipercepat adalah untuk memperoleh pengakuan atau kepercayaan dari publik, termasuk dunia internasional, karena pemerintahan dan lembaga-lembaga lain yang merupakan produk Pemilu 1997 dianggap tidak dipercaya. Hal ini kemudian dilanjutkan dengan penyelenggaraan Sidang Umum MPR untuk memilih Presiden dan Wakil Presiden yang baru.

Ini berarti bahwa dengan pemilu dipercepat, yang terjadi bukan hanya bakal digantinya keanggotaan DPR dan MPR sebelum selesai masa kerjanya, tetapi Presiden Habibie sendiri memangkas masa jabatannya yang seharusnya berlangsung sampai tahun 2003, suatu kebijakan dari seorang presiden yang belum pernah terjadi sebelumnya.

Sebelum menyelenggarakan Pemilu yang dipercepat itu, pemerintah mengajukan RUU tentang Partai Politik, RUU tentang Pemilu dan RUU tentang Susunan dan Kedudukan MPR, DPR dan DPRD. Ketiga draft UU ini disiapkan oleh sebuah tim Depdagri, yang disebut Tim 7, yang diketuai oleh Prof. Dr. M. Ryaas Rasyid (Rektor IIP Depdagri, Jakarta).

Setelah RUU disetujui DPR dan disahkan menjadi UU, presiden membentuk Komisi Pemilihan Umum (KPU) yang anggota-anggotanya adalah wakil dari partai politik dan wakil dari pemerintah. Satu hal yang secara sangat menonjol membedakan Pemilu 1999 dengan Pemilu-pemilu sebelumnya sejak 1971 adalah Pemilu 1999 ini diikuti oleh banyak sekali peserta. Ini dimungkinkan karena adanya kebebasan untuk mendirikan partai politik. Peserta Pemilu kali ini adalah 48 partai. Ini sudah jauh lebih sedikit dibandingkan dengan jumlah partai yang ada dan terdaftar di Departemen Kehakiman dan HAM, yakni 141 partai.

Sistem Pemilu.

Pemilu 1999 merupakan pemilu pertama pada masa reformasi. Pemungutan suara  dilaksanakan pada tanggal 7 Juni 1999 secara serentak di seluruh wilayah Indonesia. Sistem  Pemilu 1999  sama dengan Pemilu 1997  yaitu sistem perwakilan berimbang (proporsional) dengan stelsel daftar.

Asas Pemilu.

Pemilu 1999 dilaksanakan dengan asas langsung, umum, bebas, rahasia, jujur, dan adil.

Badan Penyelenggara Pemilu.

Pemilu tahun 1999 dilaksanakan oleh Komisi Pemilihan Umum (KPU) yang dibentuk oleh Presiden. KPU beranggotakan 48 orang dari unsur partai politik dan 5 orang wakil pemerintah. Dalam menyelenggarakan Pemilu, KPU juga dibantu oleh Sekretariat Umum KPU. Penyelenggara pemilu tingkat pusat dilaksanakan oleh Panitia Pemilihan Indonesia (PPI) yang jumlah dan unsur anggotanya sama dengan KPU. Untuk penyelenggaraan di tingkat daerah dilaksanakan oleh PPD I, PPD II, PPK, PPS, dan KPPS. Untuk penyelenggaraan di luar negeri dilaksanakan oleh PPLN, PPSLN, dan KPPSLN yang keanggotaannya terdiri atas wakil-wakil parpol peserta Pemilu ditambah beberapa orang wakil dari pemerintah dan tokoh-tokoh masyarakat.

Peserta Pemilu.

Peserta Pemilu tahun 1999 diikuti oleh 48 Partai Politik, yaitu :

Hasil Pemilu.